经过多年来纵横浩瀚宇宙的星际旅程，以及为了维护和平并促进人类及外星人友好关系，执行过无数次重大任务之后，企业号星舰光头舰长皮卡特和他的舰员就像是一个大家庭，已经建立起深厚的感情，他也像是一个大家长看着这些年轻的星舰成员逐渐成长。 　　但是天下没有不散的宴席，皮卡特长久以来的副手企业号星舰副舰长瑞克准备迎娶咨询员特洛依，并且扶正为泰坦号星舰的舰长。当企业号成员参加瑞克的婚礼之后，从他的家乡阿拉斯加州启程航向特洛依的家乡贝塔兹星准备在那里举行第二场婚礼时，工程师鹰眼侦测到邻近的寇拉洛斯Ⅲ号星上发出异常的电磁讯号，他们派人搜索后找到一名机器人，并发现他很有可能是企业号科学官百科的前身。 　　这时企业号继续航向贝塔兹星，但是皮卡特却收到珍葳上将的信息，告知他星舰联邦的宿敌罗慕伦人发生一场政变，新任帝国总督想和星战联邦进行和谈，而企业号是离中立区最近的星舰，于是皮卡特必须率领舰员前往试探帝国总督的诚意。当皮卡特见到罗慕伦帝国新任总督时大吃一惊，因为他并不是罗慕伦人，而是来自罗慕伦星的姊妹星雷摩斯星，更令人意外的是，这位名叫辛佐恩的领导者既不是罗慕伦人也不是雷摩斯人，他竟然是皮卡特的复制人！ 很多年前一位罗慕伦将军为了对付星舰联邦，于是制造出皮卡特的复制人，想要偷天换日取代真正的皮卡特舰长，藉此瓦解敌方势力。但是这个阴谋早在多年前就遭到反对，而辛佐恩也被放逐到雷摩斯星的双锂矿区。尽管遭到放逐，辛佐恩仍然不放弃希望，他受到谜一般的雷摩斯星总督庇护，并受到他的栽培，权力与力量与日俱增，甚至成功发起政变，夺下罗慕伦星的军事政权，成为新任的帝国总督。虽然辛佐恩一再向皮卡特保证罗慕伦人进行和谈的决心和诚意，但他真正的目的是为了那位与他的DNA基因相匹配的人，如果他找不到这个人，辛佐恩将死去。于是他威胁要炸掉整个世界，以期将他的“孪生兄弟”引诱到罗慕伦星。辛佐恩抓住了皮卡特船长，危急时刻他的船员救了他，并且逃回了企业号。恼羞成怒的辛佐恩向企业号发动了疯狂进攻。皮卡特船长和他的船员们并肩战斗，瓦解了辛佐恩的进攻，保住了企业号同时也拯救了自己和地球..............